โดยสารคดีปริศนาฝาผนังตอนแรก ๆ เริ่มต้นเล่าเรื่อง ค่อย ๆ พาผู้ชมไปรู้จักจิตรกรรมฝาผนังและสิ่งที่ปรากฏอยู่ในนั้น ทั้งตัวละคร เสื้อผ้า เครื่องแต่งกาย ข้าวของเครื่องใช้ อาคารสถานที่ ไปจนถึงวิวทิวทัศน์ ที่ปรากฏบนจิตรกรรมฝาผนัง ให้คนดูได้คุ้นเคยและสัมผัสเสน่ห์ความสนุก จนกลายเป็นความท้าทายในการชมจิตรกรรมฝาผนัง แล้วค่อย ๆ นำเสนอเรื่องที่ลึกและยากขึ้นเรื่อย ๆ ทั้งสุวรรณชาดก พระมหาชนก พระเวสสันดรชาดก พร้อมกับชมความสวยงามของลายเส้น ที่บอกเล่าเรื่องราวมากมาย หลายเรื่องแฝงไว้ด้วยความอัศจรรย์ อย่างภาพจิตรกรรมฝาผนังที่วัดบรมนิวาสราชวรวิหาร ซึ่ง ขรัวอินโข่ง เป็นศิลปินผู้วาดไว้ โดยได้นำความรู้เรื่องระบบสุริยะจักรวาลเข้ามาใส่ในจิตรกรรมฝาผนังด้วย

“ด้วยการเขียนพระอาทิตย์ พระจันทร์ ดาวพุธ ดาวพฤหัส แบบเหมือนจริงตามแบบวิทยาศาสตร์อยู่ในจิตรกรรม เราได้เชิญวิทยากรที่เป็นนักดูดาวมาช่วยถอดรหัส เขาดูไปดูมา พบว่าตำแหน่งที่ตั้งของดาวมันไปตรงกับช่วงเวลาในสมัยรัชกาลที่4 ซึ่งข้อมูลนาซ่าสามารถดูย้อนหลังไปได้เป็นร้อยๆ ปี”

จิตกรเล่าให้เห็นถึงความมหัศจรรย์ที่น่าทึ่งของผู้คนในอดีตที่ซ่อนไว้ในจิตรกรรมฝาผนังตอนหนึ่งในสารคดีชุดนี้ ซึ่งทั้ง 20ตอน จะพาไปชมความน่าทึ่งความมหัศจรรย์จากลายเส้นบนฝาผนังที่ทรงคุณค่า และเต็มไปด้วยเรื่องราวประวัติศาสตร์และมีความหมายที่แฝงไว้มากมาย บางแห่งเป็นภาพจิตรกรรมที่หาชมได้ยาก ซึ่งสารคดีปริศนาฝาผนังแต่ละตอนจะค่อย ๆ พาเราไปถอดรหัสและขมวดแก่นเรื่องราว ที่วาดไว้บนจิตรกรรมฝาผนังได้อย่างสนุกและได้สาระ
“อย่างวัดมกุฏกษัตริยารามราชวรวิหาร ที่คนส่วนใหญ่ไปเฉพาะฟังสวดและเผาศพเสร็จแล้วก็กลับ ที่นี่มีสมบัติทางปัญญาที่สำคัญมา ๆ ก็คือโบสถ์และวิหาร เนื่องจากเป็นวัดธรรมยุตที่เคร่งมาก โบสถ์ไม่ค่อยให้คนเข้าไป เราจึงใช้โอกาสการทำโครงการนี้ขออนุญาตเข้าไปถ่ายทำ จิตรกรรมในโบสถ์เขียนประวัติของพระภิกษุและภิกษุณีรูปสำคัญ ๆ ในพุทธศาสนา ว่าแต่ละคนมีชีวิตมาอย่างไรและทำไมจึงอยากบวช บวชแล้วไปคลิกอะไร จึงกลายเป็นผู้บรรลุธรรม ท่านสร้างมีเดียไว้ให้พระฉุกคิดพิจารณา”